Studenter som er tatt opp på masterstudiet (tidligere sivilingeniørutdannningen) ved NTNU kan ta 5. studieår i sin helhet ved UNIK. UNIK samarbeider med Fakultet for Informasjonsteknologi, matematikk og elektroteknikk (IME) og har studenter fra Elektronikk og telekommunikasjon, Teknisk kybernetikk, Telematikk og Energi og miljø.
Studiene ved UNIK følger samme oppbygging som NTNU, det vil si ett semester med fordypningsemne og emnemoduler/tema og ett semester med masteroppgave. Noen av UNIKs emner er faglig godkjent ved NTNU og har egne NTNU-koder. UNIK har også et ikke-teknisk emne for NTNU studenter.
Masteroppgaver ved UNIK og Kjellerinstituttene betraktes oftest fra NTNUs side som såkalte "utediplomer" og NTNUs rutiner vedrørende dette må da følges.
Studentene må selv finne en egnet faglærer ved NTNU og så ta kontakt med den oppførte kontaktperson ved UNIK for avklaring av diplom/masteroppgaven. Det stilles de samme krav for å kunne avlegge eksamen ved UNIK som ved NTNU. For å kunne ta eksamen må studentene: Betale semesteravgift ved NTNU.