Forsvarets forskningsinstitutt (FFI) er en svært viktig samarbeidspartner for UNIK og er en stor bidragsyter til å oppfylle UNIKs målsetting om å tilby undervisning og veiledning i fagområder hvor Kjellerinstituttene har faglig tyngde. FFI og UNIK samarbeider både om forskning og utdanning. Samarbeidet er organisert slik at FFI finansierer to 20 % stillinger ved UNIK ,og disse bidrar i forskningsprosjektene ved FFI. Universitetet i Oslo finansierer to 20 % forskere ved FFI og disse to gir undervisning og veiledning ved UNIK. I tillegg benytter UNIK årlig seks forskere som forelesere. Dette gir masterstudenter og Ph.D.-stipendiater oppdatert og aktuell kunnskap. Et stort antall av UNIKs ca 60 stipendiater får faglig veiledning ved FFI og ca halvparten av UNIKs eksternt finansierte forskningsprosjekter skjer i samarbeid med FFI.